1995年，孙继海在甲A联赛的大连万达开始了自己的足球生涯。1998年夏天，孙继海与范志毅转会至当时的英甲水晶宫队。随后，他们多次入选中国国家队，并代表国足参加了2002年韩国和日本世界杯。

孙继海2002年至2008年效力于英超曼城队，在英超联赛中出场130场。 2010年转会至中超陕西中信队（贵州人和队前身）效力4年。 2013年代表贵州人和队夺得中国足协杯冠军。 2014年代表贵州人和队夺得中国超级杯冠军。 2015年2月，孙继海加盟中超升班马重庆力帆队。 9月，孙继海成为曼城中国大使。 10月23日，孙继海入选英格兰足球名人堂。 12月8日，贵州人和宣布孙继海回归球队。

2016年12月11日，孙继海正式宣布退役。在孙继海21年的职业生涯中，孙继海共获得4次甲A联赛冠军（96、97、00、01）、2次超级杯冠军（96、00）、2次足协冠军（01、13） 。杯赛冠军、1个超级杯冠军（14次）、1个联赛冠军（01-02赛季效力曼城期间）。

孙继海效力于大连万达

1995年5月，入选大连队，并于28日首次参加甲A联赛；孙继海当年在中国甲A足球联赛的大连万达（后来的大连实德）队开始了自己的足球生涯。

1996年，他成为大连队的绝对主力，参加了全年22场甲A联赛中的21场，并踢满了全场比赛。

1997年，孙继海继续稳定发挥，全年共踢联赛19场，帮助大连实德夺得联赛冠军。出色的表现也让他坐稳了国家队主力后卫的位置。

1998年，孙继海为大连实德队踢了18场联赛。作为一名后卫，他也通过自己的出色表现获得了出国踢球的机会。

孙继海效力于大连实德队（1999-2001）

1999年7月，在国外仅仅10个月后，孙继海回到大连实德队，并参加了7月26日对阵深圳队的中超联赛。

2000年，孙继海所在的大连实德队在主教练科萨诺维奇的带领下夺得联赛冠军。

2001年，孙继海继续以主力身份帮助大连实德队征战联赛。他与队友一起为球队夺得了两连冠。还获得过足协杯、九运会和超级杯冠军，以及亚洲优胜者杯亚军。

2009年，孙继海效力成都天成（中超）

2009年5月孙继海英超进球，孙继海将租借加盟中超球队成都谢菲尔德联队。他将以球员和教练身份为成都谢菲联队效力至赛季结束，帮助球队获得联赛第7名。

2015年，孙继海加盟重庆力帆（中超）

2015年2月4日孙继海英超进球，中超升班马重庆力帆通过官方微博宣布，前贵州人和队队长孙继海正式加盟球队。这位38岁的老将新赛季将​​身披力帆球衣征战中超联赛。 [8] 在代表升班马重庆力帆队的联赛中，孙继海作为队长，与队友们帮助球队以9胜8平13负取得联赛第8名孙继海英超进球，成功保级。